Para Farmacéuticos Sin Fronteras la Transparencia y el Buen Gobierno son las directrices por las que rige su trabajo. Por ello, desde 2006 la entidad forma parte del Grupo de Trabajo de Transparencia de la Coordinadora de ONGD de España y cada dos años se somete a una auditoría externa como ejercicio público de rendición de cuentas. Recientemente la Coordinadora ha publicado los resultados de la herramienta de autorregulación de Transparencia y Buen Gobierno del año 2015 y Farmacéuticos Sin Fronteras ha superado los 10 bloques de evaluación, cumpliendo así con su compromiso ante socios, donantes, colaboradores y la sociedad en general y la consiguiente certificación de la Coordinadora