Desgraciadamente, son cada vez más frecuentes las situaciones de emergencia que vive nuestro planeta: catástrofes naturales, revueltas sociales, guerras étnicas, epidemias etc.; circunstancias que conllevan a las poblaciones afectadas a una situación de desamparo y pobreza. Es, en este momento cuando se hace latente la intervención de las organizaciones no lucrativas y oficiales.
 
Banco de Medicamentos ha participado en situaciones de emergencia en: Haití, Filipinas, Guinea Ecuatorial, Santo Tomé, Príncipe y Siria. Un trabajo conjunto con organizaciones u organismos como: Infancia Sin Fronteras, SAR España y la Agencia Española de Cooperación Internacional para el Desarrollo, entre otras.

España también ha sido receptora en diversas ocasiones, en la crisis sanitaria provocada por la COVID-19 con la distribución de material sanitario y de protección, así como en las emergencias surgidas por la erupción del volcán Cumbrevieja de La Palma o la llegada de refugiados afganos a nuestro país.